中国青藏高原研究会的最高权利机构是会员代表大会。代表大会每五年召开一次，其任务是：决定本研究会的工作方针和任务；制定和修改研究会章程；选举理事会；审查理事会的工作报告和财务收支情况。理事会是会员代表大会闭会期间的常设领导机构，并负责推选常务理事会。常务理事会推选理事长、副理事长和秘书长。中国青藏高原研究会的日常办事机构为秘书处，秘书处办公室在其挂靠单位中国科学院地理科学与资源研究所。秘书长主持秘书处的日常事务。研究会在第一届理事会（1990-1994）、第二届理事会（1994-1998）、第三届理事会（1998-2003）、第四届理事会（2003-2008）、第五届理事会（2009-2014）和第六届理事会（2015-2019）的领导下，不断发展壮大。现第一届监事会及第七届理事会领导组成如下：

第一届监事会成员（2020-2024）

监事长：侯增谦

副监事长：于贵瑞    朱立平

监事：张人禾    洛桑·灵智多杰（藏）    欧阳华    赵俊猛

第七届理事会领导组成员（2020-2024）

名誉理事长：孙鸿烈    郑    度

理事长：姚檀栋

副理事长：陈发虎    崔    鹏    赤来旺杰（藏）   史培军    潘保田    张宪洲    曾令森

秘书长 ：张镱锂

副秘书长：戴紧根    王伟财    张扬建