中国青藏高原研究会的最高权利机构是会员代表大会。代表大会每五年召开一次，其任务是：决定本研究会的工作方针和任务；制定和修改研究会章程；选举理事会；审查理事会的工作报告和财务收支情况。理事会是会员代表大会闭会期间的常设领导机构，并负责推选常务理事会。常务理事会推选理事长、副理事长和秘书长。中国青藏高原研究会的日常办事机构为秘书处，秘书处办公室在其挂靠单位中国科学院地理科学与资源研究所。秘书长主持秘书处的日常事物。研究会在第一届理事会（1990-1994）、第二届理事会（1994-1998）和第三届理事会（1998－2003）和第四届理事会（2003-2008）的领导下，不断发展壮大，现在为第五届理事会主要领导和办事人员组成如下：
名誉理事长：阿沛 · 阿旺晋美（中国人民政治协商会议 副主席）
刘东生（中国科学院地质与地球物理研究所 院士）
孙鸿烈（中国科学院地理科学与资源研究所 院士）
理 事 长：姚檀栋（中国科学院青藏高原研究所 所长、院士）
副理事长： 成升魁（中国科学院地理科学与资源研究所 党委书记）
格 勒（藏）（中国藏学研究中心 副总干事）
侯增谦（中国地质科学院地质研究所 所长）
马胜杰（西藏自治区科技厅 厅长）
潘保田（兰州大学研究生院 常务副院长）
解 源（青海省科技厅 厅长）
张人禾（中国气象科学研究院 院长）
秘 书 长：朱立平（中国科学院青藏高原研究所 研究员）
副秘书长： 陈远生（中国科学院地理科学与资源研究所 副处长）
丁 林（中国科学院青藏高原研究所 研究员）
高迎春（中国科学院青藏高原研究所 处长）
徐柏青（中国科学院青藏高原研究所 研究员）
张镱锂（中国科学院地理科学与资源研究所 研究员）
